Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo

Equipo

  • Investigador Principal: José Antonio Oteo Revuelta
  • Investigador Responsable de la Unidad: Patricia Pérez Matute
  • Investigador Postdoctoral: María Íñiguez Martínez
  • Investigador Predoctoral: Pablo Villoslada Blanco
  • Técnico de laboratorio: Emma Recio Fernández
  • Colaboradores:
    • Mª Eugenia Marzo Sola (Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja)
    • Federico Castillo Álvarez (Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja)
    • Belinda Matute Tobías (Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja)
    • Sara López Álava (Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja)
    • Luis Morano (Hospital Álvaro Cunqueiro, Galicia)
    • Nathalie Beaucourt Le Barzic (Clean Biotec)
    • Angélica García Álvaro (Clean Biotec)
    • María Jesús Villanueva Millán (CEDARS-SINAI, Los Ángeles, USA)
    • María José Motilva Casado (ICVV)
    • Encarnación Núñez-Olivera (Universidad de La Rioja)
    • Andra Serrano Pérez (Consejería de Salud (C.A.R.P.A))

Investigación

La Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo del CIBIR se centra en la investigación de infecciones virales y sus trastornos metabólicos asociados. De hecho, es el servicio de referencia para tratar y evaluar a los pacientes infectados por el VIH o por el virus de la hepatitis C así como otras enfermedades infecciosas en nuestra Comunidad, La Rioja. Esta Unidad fue creada gracias a la experiencia de muchos años de los médicos del Departamento de Enfermedades Infecciosas (Hospital San Pedro) y a la presencia de investigadores muy cualificados y con años de experiencia en el ámbito de la Biología Molecular y Celular, la Genética, Transcriptómica etc. Este equipo, por tanto, representa lo que el siglo XXI demanda: una investigación translacional (“de la poyata al paciente”) gracias a la permeabilidad existente entre la investigación en el CIBIR y la asistencia médica en el Hospital San Pedro.

El grupo está implicado en el estudio de la microbiota intestinal en diferentes patologías; especialmente en enfermedades de origen infeccioso, como son la infección por el VIH o la infección por el virus de la hepatitis C, pero también en otras alteraciones cuyo origen es todavía desconocido como son el Síndrome de Fatiga Crónica, la Esclerosis Múltiple o la Obesidad. El papel de los tratamientos actuales en estas patologías sobre la composición bacteriana intestinal es también objeto de estudio de este grupo. La Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo del CIBIR es Unidad Asociada de I+D+I del Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) a través del Instituto de Ciencias de la Vid y el Vino (ICVV) (2020-2023).

Líneas de investigación

Las actividades de esta Unidad incluyen y pueden resumirse en:

  • Identificar la causa que pueda explicar el origen fisiopatológico de enfermedades con gran impacto en la salud pública o encontrar una posible vía para poder prevenirlas y/o tratarlas. Más concretamente, este grupo está focalizado en el análisis del papel de la microbiota (bacterioma y viroma) y de las terapias basadas en modificaciones de la microbiota en estas patologías (VIH, Hepatitis C, Esclerosis Múltiple, Obesidad etc.).
  • Definir si los tratamientos existentes actualmente para dichas enfermedades (especialmente para la infección con el VIH, la Hepatitis C o la Esclerosis Múltiple), son capaces de restablecer los cambios observados en la composición de la microbiota intestinal, y, con ello, favorecer la curación del paciente.
  • Estudiar los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de la obesidad y sus alteraciones metabólicas asociadas como el hígado graso no alcohólico, la resistencia a la insulina, diabetes etc.
  • Descubrir nuevos biomarcadores para enfermedades metabólicas e infecciosas mediante el uso de diferentes enfoques como la transcriptómica, lipidómica y/o metabolómica.

Otras líneas de investigación secundarias del grupo:

  • Estudios nutricionales en el ámbito de la obesidad y las alteraciones metabólicas asociadas.
  • Estudio del perfil metabólico de modelos knock out

Para lograr estos objetivos/actividades, la Unidad trabaja con modelos in vitro, modelos animales, así como con cohortes humanas.

Investigador Principal

José Antonio Oteo Revuelta

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Teléfono: +34 941 278 770 (Ext.: 89871)

Biografía

José Antonio Oteo Revuelta (Doctor en Medicina y Cirugía, Universidad de Navarra, 1990) es Especialista en Medicina Interna (Programa MIR, Hospital Virgen del Camino de Pamplona, 1990). Ha sido Jefe del Servicio de Medicina Interna del Hospital de La Rioja y del complejo Hospital San Millán-San Pedro en La Rioja. Actualmente es el Jefe del Departamento de Enfermedades Infecciosas en el Hospital Universitario San Pedro de La Rioja (España) y del Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR), del que fue uno de los promotores. Este Departamento incluye el Laboratorio de Patógenos Especiales (Centro de Rickettsiosis y Enfermedades Transmitidas por Artrópodos Vectores), la Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo (Unidad Asociada de I+D+iI del CSIC) y la de Inflamación y Envejecimiento. En este centro de investigación, gestiona y supervisa un laboratorio equipado con las últimas tecnologías en Biología Molecular y Celular, incluyendo un laboratorio de Bioseguridad de nivel 3 para el manejo de microorganismos intracelulares peligrosos.

El grupo que dirige en el campo de la investigación de artrópodos vectores ha sido pionero en la descripción de nuevas enfermedades transmitidas por garrapatas, como el DEBONEL, y de otras enfermedades no descritas anteriormente en nuestro medio. También ha contribuido significativamente al aislamiento y caracterización de nuevos microorganismos implicados en patología humana, como Rickettsia monacensis o la nueva, y por él denominada, Rickettsia rioja. Además, junto con su grupo, ha caracterizado otras especies de bacterias aún no asociadas con enfermedades humanas, como Rickettsia vini o Rickettsia colombianensi. Este grupo, bajo su dirección, ha publicado la mayor serie de pacientes con enfermedad de Lyme en España y ha realizado estudios en sus artrópodos vectores. Entre otros logros, cabe destacar la descripción de los primeros casos de anaplasmosis humana en el sur de Europa, los primeros casos de infección por Rickettsia sibirica mongolitimonae o la primera implicación de Rickettsia massiliae como patógeno humano en América. También, el Dr. Oteo describió el primer caso de parálisis neurotóxica tras picadura de garrapata en Europa. Sus estudios han llevado a la descripción de la circulación de ´Ca. Neoehrlichia mikurensis´ y de Borrelia miyamotoi en España, tularemia tras picadura de garrapata, a los primeros estudios sobre la presencia de Rickettsia spp., y Bartonella spp., en pulgas; el primer grupo de pacientes con infección por Rickettsia felis en España y los primeros casos de infestación humana por trombicúlidos, implicando a Neotrombicula inopinata como agente causal de la dermatitis estacional a nivel mundial. También, gracias a proyectos de investigación liderados por él, se estableció por primera vez la circulación del virus de la Fiebre Hemorrágica de Crimea-Congo en Europa Occidental y en garrapatas recogidas sobre aves migratorias en el norte de África. Estos hechos resultaron esenciales para la sospecha y diagnóstico de los primeros casos de esta fiebre hemorrágica en España en 2016. Sus últimos proyectos de investigación están centrados en el estudio del microbioma (incluido el viroma) en artrópodos vectores mediante técnicas de metagenómica y en la mejora del diagnóstico de la borreliosis de Lyme. Como no podía ser de otra forma, la nueva zoonosis causada por el SARS-CoV-2 (COVID-19) ha impactado en su grupo de investigación, que siempre ha abordado estas afecciones desde la perspectiva “One health”. Así, además de atender a los pacientes ingresados en el Hospital y de ser el responsable del protocolo clínico de actuación en el mismo, ha comenzado a estudiar la presencia del SARS-CoV-2 en diferentes mamíferos con detección del virus en gatos y perros. El grupo de artrópodos vectores ha gestionado más de 1 millón de euros en fondos de investigación en los últimos años y ha ampliado el espectro de las infecciones a las que se dedicaba, a las transmitidas por dípteros con muy buenos resultados.

En cuanto a su actividad en la Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo, ha centrado su trabajo en el estudio de la composición microbiana intestinal mediante secuenciación masiva en diferentes patologías infecciosas como la infección por el VIH, Esclerosis Múltiple o Hepatitis C. También ha participado en el análisis de datos obtenidos por transcriptómica y lipidómica para descubrir biomarcadores tempranos de estas patologías y de sus complicaciones. Una de las aportaciones más relevantes en este campo ha sido el estudio del papel del autotrasplante fecal para combatir la obesidad, así como el papel de los diferentes tratamientos antiretrovirales sobre la microbiota intestinal en la infección por el VIH. También, desde esta Unidad, se está investigando actualmente la COVID-19 analizando la posible susceptibilidad genética y otros biomarcadores en la infección por el SARS-CoV-2 en pacientes infectados de nuestra Comunidad. Esta Unidad que dirige ha sido recientemente acreditada como Unidad Asociada de I+D+i del CSIC.

Otro campo digno de mención es la aplicación de las técnicas de Resonancia Magnética Nuclear en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas. Así, junto a otros miembros del equipo y de la Universidad de La Rioja, ha desarrollado un método que han patentando para conocer la susceptibilidad bacteriana a los antimicrobianos.

Su experiencia en la docencia incluye formación de post-grado a médicos residentes, participación en cursos de doctorado de diferentes universidades y contribuciones como profesor invitado en cursos de medicina y enfermería. Es el profesor encargado de prácticas de estudiantes de Medicina del Hospital Universitario San Pedro y el responsable de la asignatura de Fisiología I del Grado de Enfermería de la Universidad de La Rioja hasta la fecha. También ha sido Profesor durante años en la asignatura de “Medicina Preventiva y estilos de vida saludable” de la Universidad de la Experiencia (UR). Ha dirigido 11 Tesis Doctorales y numerosos estudios/trabajos de Suficiencias Investigadoras, Diplomas de Estudios Avanzados (DEA), Proyectos de Máster y Proyectos de Fin de Grado. Está acreditado por la ANECA como Catedrático de Universidad en el área de Medicina (Ciencias de la Salud).

Como resultado de su actividad investigadora, ha publicado alrededor de 400 artículos en revistas científicas, libros y monografías. Durante su práctica profesional ha participado, como investigador principal, en la mayoría de los casos, en numerosos proyectos de investigación competitivos y ensayos clínicos.

Actualmente lidera un grupo clínico asociado a la Red Española de Investigación de Patología Infecciosa (REIPI). Su equipo también forma parte de la Red Española de Investigación en SIDA (RIS). Es experto de la red VectorNet, dependiente de los ECDC, miembro del “Comité de Gestión” de la acción Cost: “Statistical and machine learning techniques in human microbiome studies” (Cost Action: CA18131, MC Substitute) y ha participado en la “European Network Neglected Vector Disease Cost Action” (EurNegVec Cost Action: TD1303). Hace unos años, su equipo entró a formar parte de la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RE-LAB), creada para responder a las amenazas de agentes biológicos peligrosos. Sus contribuciones aparecen con frecuencia en programas oficiales de congresos nacionales e internacionales de relevancia en el campo de las enfermedades infecciosas, habiendo impartido numerosas conferencias nacionales e internacionales. Ha sido Presidente del Comité Científico del Congreso de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC) y de la Conferencia Internacional de Rickettsiosis. También ha presidido varios Grupos de Estudio Nacionales e Internacionales, como el Grupo de Patógenos Especiales de la SEIMC y el Grupo para estudio de Coxiella, Anaplasma, Rickettsia y Bartonella de la Sociedad Europea de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas (ESCMID). Forma parte del comité editorial de varias revistas científicas y es evaluador de la Agencia Nacional de Evaluación y Prospección (ANEP) y de diferentes agencias de otros países como Portugal, Noruega, Francia, Bélgica y Argentina. También tiene el honor de haber recibido numerosos premios científicos y sociales, el último de ellos Embajador de la Medicina Española de Diario Médico. Ha sido Presidente del Comité Ético de Investigación de la Rioja y Vice-Presidente del Consejo Social de la Universidad de La Rioja.

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Equipo de trabajo

Patricia Pérez Matute

Patricia Pérez Matute

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Teléfono: +34 941 278 855 (Ext.:84871)

Biografía

Patricia Pérez-Matute se doctoró en Bioquímica en 2005 (Universidad de Navarra) con la calificación de Sobresaliente Cum Laude. Durante los años de doctorado, llevó a cabo una estancia predoctoral en la Universidad de California en Davis (UCDAVIS) becada por el programa Fullbright. Su tesis doctoral fue galardonada por la Real Academia de Doctores de España (2006). La revista científica Clinical Science (2004) también premió uno de sus trabajos presentados en el Congreso ISSFAL. Tras su doctorado, Patricia se incorporó como Investigador Postdoctoral al laboratorio de Fisiología Integrativa de la Universidad de Oxford (Reino Unido), galardonada con la beca de formación de futuros líderes de la Fundación Rafael del Pino y la beca Robert-Turner del Green Templeton College (Universidad de Oxford). Tras este periodo postdoctoral en la Universidad de Oxford, Patricia regresó a España y se incorporó a la Facultad de Farmacia de la Universidad de Navarra en calidad de Profesor Ayudante Doctor para desarrollar labores docentes, investigadoras y de gestión. En abril de 2009, Patricia se trasladó a la Comunidad de La Rioja, al Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR) como Investigadora post-doctoral responsable de la "Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo" (Unidad Asociada de I+D+i al CSIC) dirigida por el Dr. Oteo. También colabora desde 2010 en la docencia de grado y posgrado de la Universidad de La Rioja.

La Dra. Pérez Matute ha publicado más de 50 artículos en revistas científicas de gran impacto, cinco capítulos de libro y más de una centena de comunicaciones presentadas en congresos nacionales e internacionales (Índice H de Hirsch: 23). Ha participado en más de 20 proyectos de investigación subvencionados por organismos públicos y privados, nacionales e internacionales siendo la investigadora principal de cuatro de ellos, uno de ellos actualmente en vigor (Programa RETOS 2019). La Dra. Pérez-Matute es miembro de la acción Cost (CA18131) centrada en las tecnologías de “Machine Learning aplicadas a estudios de microbiota en humanos”. Patricia ha participado en diversos cursos de especialización (docente e investigadora), es socia de varias Sociedades Científicas, actúa como revisora de más de una veintena de revistas y es la Directora de la revista de ciencias naturales Zubía y del Área de Ciencias Naturales del Instituto de Estudios Riojanos (IER). La Dra. Pérez-Matute ha co-dirigido 20 trabajos fin de grado, 7 tesis de máster, 4 Tesis doctorales y está actualmente dirigiendo otra Tesis Doctoral centrada en el papel de la microbiota (viroma) en la infección por el VIH y su tratamiento. Ha tutorizado una beca de formación ADER financiada con Fondos Europeos, una beca EMBO y ha supervisado a más de una veintena de alumnos de prácticas. Patricia está acreditada por la ANECA como Profesor Titular de Universidad (2015), Profesor Contratado Doctor, Profesor de Universidad Privada y Profesor Ayudante Doctor (2009) y posee la capacitación para desempeñar las funciones de eutanasia de los animales, realización de los procedimientos así como diseño de los proyectos y procedimientos (según ECC/566/2015- acreditaciones D, C y B).

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María Íñiguez Martínez

María Íñiguez Martínez

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Teléfono: +34 941 278 870 (Ext.:89870)

Biografía

Licenciada en Biología y Bioquímica por la Universidad de Navarra, en 2006 obtuvo el doctorado en el Departamento de Terapia Génica y Hepatología del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) de la Universidad de Navarra, bajo la supervisión del Dr. Jesús Prieto y la Dra. Carmen Berasain.

Desde 2007 y hasta mediados de 2010 trabajó como Responsable de Proyecto en Digna Biotech, empresa biotecnológica dedicada al desarrollo y explotación de los productos de investigación generados por el Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) de Pamplona. En este período también combinó esta actividad con el trabajo científico en el CIMA en el campo del trasplante hepático y la regeneración hepática. De 2010 a 2016 trabajó en la Plataforma de Genómica CIBIR, coordinando el desarrollo de los análisis de genómica y transcriptómica mediante secuenciación masiva. Desde el 2017, la Dra. Iñiguez es investigadora de la Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo. Ha participado en varios proyectos de investigación nacionales e internacionales y ha publicado varios artículos en revistas del primer decil. También es profesora en la asignatura de Genómica y Proteómica del Master de Química y Biotecnología de la Universidad de La Rioja.

María Íñiguez obtuvo el Premio Extraordinario de Doctorado de la Universidad de Navarra (2006) y ha conseguido varias becas de convocatorias competitivas (Beca de doctorado financiada por el Fondo de Investigación Sanitaria, 2000. Contrato Torres-Quevedo financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO) 2007).

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Pablo Villoslada Blanco

Pablo Villoslada Blanco

Biografía

Pablo Villoslada Blanco completó el Grado de Bioquímica por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) en 2017 con un trabajo sobre isquemia cerebral llevado a cabo en el Instituto de Investigaciones Biomédicas “Alberto Sols” bajo la supervisión de la doctora Margarita Díaz-Guerra González. Al año siguiente regresó a Logroño, su ciudad natal, dónde realizó el Máster en Química y Biotecnología por la Universidad de La Rioja (UR), que terminó con una calificación de 9,07. Su trabajo fin de máster versó sobre “genómica aplicada a la vid” y lo realizó bajo la supervisión de los doctores José Miguel Martínez Zapater y Pablo Carbonell Bejerano del Instituto de Ciencias de la Vid y el Vino (ICVV). En octubre de 2018 obtuvo una beca de la Consejería de Desarrollo Económico e Innovación de La Rioja para realizar la tesis doctoral titulada “Caracterización del viroma intestinal de pacientes infectados por el VIH: relación con su estado inflamatorio y riesgo cardiovascular” en el grupo de “Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo” del CIBIR y bajo la supervisión de los doctores José Antonio Oteo Revuelta y Patricia Pérez Matute.

Emma Recio Fernández

Emma Recio Fernández

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Teléfono: +34 941 278 870 (Ext.:89870)

Biografía

Estudió Técnico de Laboratorio en la Escuela Zabalburu (Bilbao, Vizcaya) obteniendo el certificado en marzo de 2001. La formación durante sus estudios se realizó en el Laboratorio de Análisis y Citología Privada, dirigido por Dr. Adolfo García-Riego. En 2014 obtuvo el certificado B de experimentación animal.

En 2004 continuó su formación profesional participando en el desarrollo de una tecnología no invasiva para la detección del cáncer de vejiga, buscando marcadores en muestras de orina mediante electroforesis en 2D en la Unidad de Proteómica (Medplants Genetics, S.L.).

De 2004 a 2009, trabajó en el Laboratorio de Genética del CIC-bioGUNE (Derio), dirigido por el Dr. David Gubb, utilizando la mosca de la fruta Drosophila melanogaster como modelo animal para el estudio de los trastornos metabólicos de Serpinas, un variado grupo de proteínas, capaz de inhibir otras proteínas (enzimas tipo proteasa). Trabajó mutando e insertando plásmidos utilizando la técnica de microinyección de embriones, estableciendo y manteniendo líneas genéticas de mosca de la fruta, y analizando los trastornos previamente mencionados.

En 2009 inició su trabajo en el CIBIR (Logroño), en el Departamento de Enfermedades Infecciosas, liderado Por el Dr. José Antonio Oteo. Hasta 2011 trabajó en la Unidad de Artrópodos Vectores dirigida por la Dra. Arantza Portillo, utilizando diferentes técnicas para el diagnóstico de enfermedades infecciosas, usando muestras humanas y cultivos celulares, en instalaciones de nivel 2 y 3 de contención.

Desde 2011, trabaja en la Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo dirigido por la Dra. Patricia Pérez Matute, manejando muestras de ratón, humanas y cultivos celulares (bajo nivel de contención 2). En este equipo, ha enriquecido sus competencias trabajando con diferentes técnicas de investigación como Western Blot, ELISA, Multiplex, Extracción de ADN y ARN, qPCR, Análisis Histológico, Bioanalizadores, Culturas Celulares, Liofilización, Bioimpedancia, Microscopia, etc. Asimismo, Emma ha participado en varios seminarios y congresos como el de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM).

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Mª Eugenia Marzo Sola

Dra. Mª Eugenia Marzo Sola

Teléfono: +34 941 278 855

Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja

Federico Castillo Álvarez

Dr. Federico Castillo Álvarez

Teléfono: +34 941 278 855

Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja

Belinda Matute Tobías

Dra. Belinda Matute Tobías

Teléfono: +34 941 278 855

Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja

Sara López Álava

Dra. Sara López Álava

Teléfono: +34 941 278 855

Servicio de Neurología H.S.P. La Rioja

Colaboradores

Hospital Álvaro Cunqueiro, Galicia. Servicio de Medicina Interna

  • Dr. Luis Morano

CLEAN BIOTEC. La Rioja

  • Dra. Nathalie Beaucourt Le Barzic
  • Dra. Angélica García Álvaro
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CEDARS-SINAI. Los Angeles (USA)

  • Dra. María Jesús Villanueva Millán

ICVV

  • Dra. María José Motilva Casado

Universidad de La Rioja

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Andra Serrano Pérez

Andra Serrano Pérez

Teléfono: +34 941 278 855

Consejería de Salud. (C.A.R.P.A) Dirección General de Prestaciones y Farmacia Servicio de Ordenación Farmacéutica y Medicamentos.

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